タグを用いた効率的なPubmed文献検索の方法

2019年11月26日火曜日

バイオインフォマティクス

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生命科学で研究を行っていればpubmedで文献を検索することは日常茶飯事です。ただ、自分の目当ての論文があってもなかなか見つけられないことも時々あります。 そのような際にタグを用いた検索を行うと効率的に目的の論文を見つけることができます。
本稿では、pubmed検索で使えるタグについて説明します。

タグを使ったpubmed検索がいかに有用か


まず例として、有名なワトソン博士とクリック博士による、DNAの二重らせんに関する論文を見つけることを目標に、タグを使った検索がいかに簡単で有用かを見ていきます。

とりあえずワトソン博士の名前とDNAを検索窓に入力すると、5000 件以上ヒットしてしまいます。
タグを用いたpubmed検索


まず簡単に使えるタグとして著者名検索があります。Watsonの後に著者名のみで検索する様にタグ[au](authorの略)を追加して検索するとヒット数を減らすことができます。

タグを用いたpubmed検索

しかし、上の画像を見てわかるように、共著者のいろいろな場所にWatsonの名前が登場しており、依然2000件以上の論文がヒットしてしまいます。

ここで威力を発揮するのが筆頭著者限定での検索です。Watsonの名前を筆頭著者限定で検索すると一気に論文を絞り込むことができます。筆頭著者限定を示すタグは[1au](1st authorの意味)です。この筆頭著者検索は、学会や知り合いから見聞きした論文を後で調べる際などに大活躍します。

タグを用いたpubmed検索

上の画像のように、Watsonを筆頭著者しばりで検索することができました。 だいぶんヒット数が減ったことがわかりますが、残念ながらまだ件数ヒット件数が多いです。

次に、雑誌名の検索タグを使ってみます。ワトソン博士のDNA二重らせんの論文はNatureで発表されています。ここで検索窓にnatureという単語を追加するだけでは、Natureという雑誌名以外の一般的なnatureという単語もひっかけてしまいます。(これはCellなど他の有名雑誌の検索でも遭遇してしまう問題です)

雑誌名で検索するタグは[journal](雑誌名の略語で検索する場合は[ta]<journal Title Abbreviationの略> を使う)なので、"nature[journal]"を追加して検索します。

タグを用いたpubmed検索

すると、6件までヒット数が減り、その中の一番古い論文を見ると、1953年にWatson博士、Crick博士がNatureの発表した原著を見つけることができました。

よく使うpubmed検索で有用なタグのまとめ

以下に、知っておくと便利な、pubmed検索で使えるタグをまとめて示しておきます。

著者の所属 (Affiliation)  [ad]
著者(Author)  [au]
筆頭著者(First Author Name)  [1au]
著者のフルネーム(Full Author Name)  [fau]

ラストオーサー(Last Author)   [lastau]
雑誌名(Journal)  [ta]
pubmedID(PMID)  [pmid]
出版日/年(Publication Date)  [dp]
タイトル(Title)  [ti]
タイトルと抄録(Title/Abstract)  [tiab]
出版の巻(Volume)  [vi]

[]の中が使用できるタグです。[]内の略を覚えていない時は、()内のフルスペルを[]に入れて検索してもタグとして使用することができます。
例:Watson[First Author Name] AND DNA AND Nature[Journal]

タグを使った検索はAdvanced検索より手間が少ない

 実は上で紹介したタグを用いた検索は、Advanced検索のページを開くことで検索することが可能です。中にはAdvanced検索を頻繁に使っている人もいるでしょう。

しかし、さっと検索をしたいとき、いろいろな論文を次々と検索していきたい時、いちいちAdvaced検索をするのは少し手間です。

[au]、[1au]、[ta]、[ti]のタグだけでも覚えておけば、検索窓にタグを直接入力するだけでAdvanced検索と同等のことを行えるためとてもお勧めです。
また、ANDやORの検索も、google検索と似た様な検索式を作成することで検索窓から直接検索することが可能です。是非お試しください。

PubmedIDは簡単に論文をメモしておきたい時に有用

自分の中で後で見たい論文を見つけた時、著者名や出版雑誌、出版年をメモしておけば、以上のタグを使って目的の論文をすぐに探し出すことができます。しかし、自分の中のメモというだけであればもっと簡単な方法があり、それがPubmedIDです。pubmedに収載されている全ての論文には固有のIDが振り分けられており、論文を検索したときに表示されています。

pumbed ID
この値をメモしておくと、この数字を検索するだけで次は一発で論文を見つけることができます。(実はpmidというタグを使わなくても、数字だけでたいてい論文を直接見つけられます)
このIDは同僚に論文を知らせる場合などにも非常に有用です。

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